| S | Sa, 09.07.2016 14:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Merseburg 99 |  | 6 : 0 |  | SG BW Brachstedt |
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| S | Mi, 13.07.2016 18:30
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Merseburg 99 | | 3 : 1 |  | SV Blau-Weiß Dölau |
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| N | Sa, 16.07.2016 15:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Merseburg 99 | | 1 : 4 |  | FC Eilenburg |
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| N | Do, 21.07.2016 16:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | LOKO VLTAVIN |  | 3 : 0 | | SV Merseburg 99 | |
| U | Sa, 23.07.2016 16:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | FC Slovan Liberec II |  | 0 : 0 | | SV Merseburg 99 | |
| S | Mi, 27.07.2016 19:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Merseburg 99 | | 4 : 0 |  | SV Eintracht Elster |
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| S | Sa, 30.07.2016 15:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Merseburg 99 | | 4 : 1 |  | BSG Stahl Riesa |
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| S | Mi, 03.08.2016 19:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | BSV Halle-Ammendorf |  | 1 : 2 | | SV Merseburg 99 |
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| U | So, 07.08.2016 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 1.ST | SV Merseburg 99 | | 1 : 1 |  | SV SCHOTT Jena |
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| S | Fr, 12.08.2016 19:00
NOFV-Oberliga Süd - 2.ST | SSV Markranstädt |  | 1 : 2 | | SV Merseburg 99 |
() |
| N | Di, 16.08.2016 18:30
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Merseburg 99 | | 0 : 2 |  | Hallescher FC |
() |
| S | Sa, 20.08.2016 15:00
Landespokal - 1.R | Naumburger SV 1905 |  | 1 : 3 | | SV Merseburg 99 |
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| S | So, 28.08.2016 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 3.ST | SV Merseburg 99 | | 3 : 1 |  | Bischofswerda |
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| S | Sa, 03.09.2016 14:00
Landespokal - 2.R | SV Dessau 05 |  | 0 : 1 | | SV Merseburg 99 |
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| S | Fr, 09.09.2016 18:00
NOFV-Oberliga Süd - 4.ST | VfL Halle 96 |  | 0 : 1 | | SV Merseburg 99 |
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| S | So, 18.09.2016 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 5.ST | SV Merseburg 99 | | 4 : 2 |  | Leipzig |
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| U | Sa, 24.09.2016 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 6.ST | FSV Barleben 1911 |  | 2 : 2 | | SV Merseburg 99 |
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| U | So, 02.10.2016 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 7.ST | SV Merseburg 99 | | 1 : 1 |  | BSG Wismut Gera |
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| S | Sa, 08.10.2016 14:00
Landespokal - AF | SV Eintracht Emseloh |  | 1 : 4 | | SV Merseburg 99 |
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| S | Di, 11.10.2016 16:30
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Merseburg 99 | | 3 : 2 |  | Lok Leipzig |
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| U | Fr, 14.10.2016 19:00
NOFV-Oberliga Süd - 8.ST | SG Union Sandersdorf |  | 1 : 1 | | SV Merseburg 99 |
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| U | So, 23.10.2016 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 9.ST | SV Merseburg 99 | | 2 : 2 |  | FC Carl Zeiss Jena II |
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| U | So, 30.10.2016 13:30
NOFV-Oberliga Süd - 10.ST | Rudolstadt |  | 0 : 0 | | SV Merseburg 99 |
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| S | So, 06.11.2016 13:30
NOFV-Oberliga Süd - 11.ST | SV Merseburg 99 | | 2 : 0 |  | TV Askania Bernburg |
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| N | So, 13.11.2016 13:00
Landespokal - HF | SV Merseburg 99 | | 0 : 4 |  | 1. FC Magdeburg |
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| N | Sa, 19.11.2016 13:30
NOFV-Oberliga Süd - 12.ST | BSG Chemie Leipzig |  | 2 : 0 | | SV Merseburg 99 |
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| N | Sa, 26.11.2016 13:00
NOFV-Oberliga Süd - 13.ST | Brandenburger SC |  |
2 : 0
(U) | | SV Merseburg 99 |
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| S | So, 04.12.2016 13:00
NOFV-Oberliga Süd - 14.ST | SV Merseburg 99 | | 2 : 1 |  | VFC Plauen |
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| U | Sa, 10.12.2016 13:00
NOFV-Oberliga Süd - 15.ST | Germania Halberstadt |  | 1 : 1 | | SV Merseburg 99 |
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| N | Mi, 01.02.2017 19:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | Eintr. Lüttchendorf |  | 3 : 2 | | SV Merseburg 99 | |
| U | Sa, 04.02.2017 12:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | FC Eilenburg | | 1 : 1 | | SV Merseburg 99 | |
| S | Mi, 08.02.2017 19:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Blau-Weiß Dölau | | 0 : 1 | | SV Merseburg 99 | |
| N | Sa, 11.02.2017 14:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | BSG Stahl Riesa | | 2 : 0 | | SV Merseburg 99 | |
| S | So, 19.02.2017 13:00
NOFV-Oberliga Süd - 16.ST | SV SCHOTT Jena | | 1 : 2 | | SV Merseburg 99 | |
| U | Sa, 25.02.2017 15:00
Freundschaftsspiele - Testspiel | SV Blau-Weiß Zorbau |  | 2 : 2 | | SV Merseburg 99 | |
| N | Sa, 04.03.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 18.ST | Bischofswerda | | 5 : 0 | | SV Merseburg 99 | |
| S | So, 12.03.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 19.ST | SV Merseburg 99 | | 1 : 0 | | VfL Halle 96 |
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| U | So, 26.03.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 17.ST | SV Merseburg 99 | | 0 : 0 | | SSV Markranstädt | |
| S | So, 02.04.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 21.ST | SV Merseburg 99 | | 2 : 1 | | FSV Barleben 1911 | |
| N | Sa, 08.04.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 22.ST | BSG Wismut Gera | | 3 : 0 | | SV Merseburg 99 | |
| S | So, 16.04.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 23.ST | SV Merseburg 99 | | 2 : 1 | | SG Union Sandersdorf | |
| S | Sa, 22.04.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 24.ST | FC Carl Zeiss Jena II | | 4 : 5 | | SV Merseburg 99 | |
| N | Mi, 26.04.2017 18:30
NOFV-Oberliga Süd - 20.ST | Leipzig | | 1 : 0 | | SV Merseburg 99 | |
| N | So, 30.04.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 25.ST | SV Merseburg 99 | | 0 : 2 | | Rudolstadt | |
| N | Sa, 06.05.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 26.ST | TV Askania Bernburg | | 3 : 1 | | SV Merseburg 99 | |
| N | So, 14.05.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 27.ST | SV Merseburg 99 | | 1 : 3 | | BSG Chemie Leipzig | |
| S | So, 21.05.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 28.ST | SV Merseburg 99 | | 2 : 1 | | Brandenburger SC | |
| S | So, 28.05.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 29.ST | VFC Plauen | | 1 : 4 | | SV Merseburg 99 | |
| N | Sa, 03.06.2017 14:00
NOFV-Oberliga Süd - 30.ST | SV Merseburg 99 | | 0 : 2 | | Germania Halberstadt | |
